Une série d'horribles meurtres et de bizarres rumeurs entraînent le Professeur Bruttenholm et son jeune protégé Hellboy au Brésil, dans ce qui est sa toute première mission. Le démon de l'Enfer et un petit groupe d'agents d'un B.P.R.D. récemment créé, découvrent de sombres secrets enfouis au coeur d'une forteresse portugaise datant du XVIe siècle...